Jungtinė KTU ir Pietų Danijos universiteto (Danija) fizikos krypties doktorantūros programa, kurioje įgyjama kompetencijų ir žinių kondensuotų terpių, spinduliuotės sąveikos su medžiagomis, optinės spektroskopijos srityse, siūlo platų tematikų ratą ir bendrus eksperimentinius ir teorinius tyrimus mezo, mikro ir nanostruktūrų, fotoninių struktūrų srityse, apimančiose jų formavimą, analizę ir taikymus, plazmonikoje, biojutikliuose, alternatyviojoje energetikoje. Tyrimams naudojamos naujos funkcinės medžiagos, šiuolaikinės technologijos (elektroninė litografija, reaktyvusis plazminis ėsdinimas, holografinė litografija) bei progresyvūs tyrimų metodai (spektroskopinė elipsometrija, Ramano sklaida, Furje transformacijų infraraudonųjų spindulių spektroskopija, ultrasparčių procesų spektroskopija ir pan.) Šios programos studentai turi galimybę įgyti dvigubą daktaro laipsnį Shizuoka universitete (Japonija). Fizikos doktorantūros programos tikslas – ugdyti aukščiausios kvalifikacijos fizikos krypties mokslininkus, gebančius atlikti aktualių problemų sprendimui nukreiptus mokslinius tyrimus.